FlowJo是一款流式的细胞剖析软件工具，能够兼容基本上全部流式的仪器设备收集的数据信息，FlowJo简易实用，功能齐全，协助客户轻轻松松掌握掌握细胞的情况转变, 有着流动性室和流液驱动器系统软件，光电转换器和数据处理系统等优秀的科技进步！

软件功能

　　1.单标样版

　　单标识样版数据信息常见的动态显示是单主要参数条形图。一般横坐标轴能够是线形平均误差或多数平均误差，意味着着所检验的莹光或透射光的强度；纵坐标表明的是横坐标轴某一特殊莹光抗压强度的细胞数，有时候也用相对性百分数来主要表现。

　　以3 color comp 文件夹名称中的CyPE comp.fcs开展剖析演试。将此文件夹名称挪到桌面上，并把该数据信息文件夹名称从桌面上拖进Flowjo中的组室内空间中。

　　在组室内空间中点击选定“3 color comp”组，这时在样本空间里显示信息“3 color comp”组里的全部样版。然后在样本空间中双击鼠标“Cy5PE comp.fcs”，出現图型对话框。

　　此为二维点图，X轴选择SSC（侧面透射，细胞内顆粒构造越繁杂，品质越大，SSC越大，相反越小。）Y轴选择FSC（前向透射，细胞越大，FSC越大；相反越小。）

　　选择设门专用工具（矩形框门、椭圆形门、不规则图形门、感应门）中的随意一个，在二维点图中选定淋巴结细胞。

　　在图型对话框中双击鼠标选定的淋巴结细胞，形成新的图型对话框。在X轴选择Cy5PE:CD4，Y轴选择Histogram，选择设门专用工具（地区门、双分门）中随意一个，在单主要参数条形图中设门。

　　2.多色标卡样版

　　多色标识样版，包括双标识、三标识及之上的样版。横坐标轴和纵坐标各自意味着与细胞相关的2个单独主要参数，平面图上的每一个点表明具备相对平面坐标的细胞。

　　以三标识样版为例子，选择3-color-experiment文件夹名称中的931115-B02-Sample01.FCS开展剖析演试。一样，在在样本空间中双击鼠标“931115-B02-Sample01.FCS”样版，出現图型对话框，显示信息为二维点图。X轴选择FSC，Y轴选择SSC。随后选择不规则图形设门专用工具，在二维点图中选定淋巴结细胞。

　　双击鼠标淋巴结细胞门，出現图型对话框，X轴选择Fluor::CD3，Y轴选择FSC。应用矩形框设门专用工具选定CD3呈阳性细胞，设门并取名为T细胞。

　　双击鼠标T细胞门，出現图型对话框，在X轴选择Cy5PE::CD4，Y轴选择PhyEry::CD8，应用十字门专用工具设门（拖拽电脑鼠标将四分门挪到总体目标部位就可以，一般依据细胞分群的发展趋势，四分门的定义线可建在呈阴性、呈阳性细胞的分群处），如下图所显示：

　　Q1：CD8单呈阳性细胞，为CD8 T细胞

　　Q2：双呈阳性细胞

　　Q3：CD4单呈阳性细胞，为CD4 T细胞

　　Q4：双呈阴性细胞

　　3.细胞细胞凋亡（Cell apoptosis）

　　拖进细胞凋亡样版，双击鼠标原始记录开启图型对话框。X轴选择FSC-A，Y轴选择SSC-A。剖析细胞凋亡的细胞选择图中所显示的细胞人群开展剖析。细胞残片未予剖析。

　　在SSC/FSC图上双击鼠标“剖析的细胞人群”，X轴选择FITC,用于表明AnnexinV-FITC。Y轴选择PE-Texas,用于表明PI。用四分门设门专用工具定义活细胞和细胞凋亡细胞。如下图所显示：

　　Q1：(AnnexinV-FITC)-/PI ，此地区的细胞为萎缩细胞。也很有可能有极少数的末期细胞凋亡细胞在这其中，乃至机械设备损害的细胞也包括在其中。

　　Q2: (AnnexinV FITC) /PI ，此地区的细胞为末期细胞凋亡细胞。

　　Q3：(AnnexinV-FITC) /PI-，此地区的细胞为初期细胞凋亡细胞。

　　Q4：(AnnexinV-FITC)-/PI-，此地区的细胞为活细胞。

　　一般统计分析细胞细胞凋亡率时选用Q2 Q3，末期细胞凋亡＋初期细胞凋亡群（即全部AnnexinV呈阳性群）。

　　4.细胞周期时间（Cell Cycle）

　　细胞周期时间的检验是流式的细胞仪更为普遍的运用之一。细胞周期时间就是指以有丝分裂方法繁衍的细胞从等位基因瓦解完毕到子细胞瓦解完毕所历经的全过程。一般由G1期、S期、G2期和M期构成。细胞在G1期进行必需的生长发育和化学物质提前准备，在S期进行性染色体DNA的拷贝，在G2期开展必需的定期检查恢复，以确保DNA复制的精确性。在M期进行基因遗传到子细胞中的平等分派，使细胞开展瓦解。

　　细胞周期时间检测中PI更为常见。PI为插进性核苷酸荧光染料，能选择性的置入核苷酸DNA和RNA发夹结构螺旋式的碱基中间与之融合，其融合的量与DNA的成分成正比例关系，用流式的细胞仪开展剖析，就可以获得细胞周期时间每个环节的DNA遍布情况，进而测算出每个期的百分之成分。

　　以cell cycle 文件夹名称中的5206.001，PI标识为例子，设门选择总体目标细胞人群，将细胞残片清除在外面。即双击鼠标操作台中的5206.001样版，开启图型对话框。X轴选择FSC-H，Y轴选择SSC-H，细胞残片坐落于左下方的部位，设门选定总体目标细胞，如下图：

　　设门选定要开展细胞周期时间剖析的单细胞人群，清除黏连细胞（黏连在一起的双细胞或多细胞低回声区等）的危害。X轴选择FL2-W(width)，Y轴选择FL2-A(area)，设门方法如下图：

　　BD的流式的仪收集的数据信息：在开展周期时间剖析的情况下，一般是选用FL2-A与FL2-W（或是FL2-A与FL2H）开展设门。

　　Beckman的流式的仪收集的数据信息：X轴选择FL3-LIN,用于表明PI的线形数据信号。Y轴选择FL3-PEAK,用于表明PI的最高值数据信号。设门方法如下图：

　　在FlowJo操作台中选定“单细胞人群”这一连接点，在工具栏的“专用工具”中选择“细胞周期时间”，开启周期时间剖析对话框。获得G1期、S期、G2期细胞百分数，G1期CV值和G2期CV值等数据信息。

　　图上粉红色的曲线图是周期时间线性拟合的实体模型曲线图，灰黑色的为样版曲线图。理想化情况是粉红色和灰黑色曲线图符合一致为最好。线性拟合的优劣能够依据右侧的RMS值来分辨。RMS(root mean square error)值越低越好，当周期时间线性拟合的不太好的情况下，能够根据拆换拟合模型（Watson和Dean-Jett-Fox）或是变更限定标准保证 （G1是G2的二倍）开展调节。

　　而G1/S/G2百分数：G1/S/G2期细胞所占的百分数。G1/G2均数：G1/G2期细胞莹光抗压强度的平均值。CV（Coefficient of Variation，变异系数）：仪器设备要素和试品制取及上色全过程对标本采集的人为因素危害。一般G0/G1峰的CV来检验屏幕分辨率或精密度。G1 cv/G2 cv：G1/G2峰的变异系数，其尺寸体现了G1/G2峰的总宽，标值越小，峰越窄。

　　FlowJo 解决流式的数据信息简单易学，并且TOP10 免疫学刊物上的文章内容大部分全是用 FlowJo 分析数据。应用好FlowJo对发高分数文章发表有非常大的协助。